GR Yaris telah mengalami facelift pada awal tahun 2024, namun Toyota tidak berhenti di situ dan terus mencari cara untuk meningkatkan performa mobil mungil ini. Untuk tahun 2025, GR Yaris mendapatkan body kit baru yang terdiri dari enam item, termasuk sayap belakang yang dapat disesuaikan untuk meningkatkan stabilitas pada kecepatan tinggi dan saat pengereman. Selain itu, ada peningkatan pada pendinginan mesin 1.6 liter tiga silinder turbocharged dan juga beberapa perubahan pada bagian eksterior mobil.
Saluran udara yang baru ditambahkan di belakang roda depan untuk meningkatkan stabilitas mobil saat menikung dalam kecepatan tinggi. Selain itu, ada juga penyamaran baru untuk tangki bahan bakar yang diadaptasi dari mobil balap GR Yaris yang berkompetisi di Super Taikyu Series Jepang. Toyota juga telah melakukan perubahan pada transmisi otomatis delapan percepatan untuk memberikan perpindahan gigi yang lebih cepat dan responsif.
Tak hanya itu, GR Yaris juga mengalami perubahan lainnya seperti peningkatan kekakuan dengan baut yang diperlebar, penyesuaian ulang power steering elektrik, peredam kejut, peningkatan pijakan kaki, dan lain sebagainya. Harga untuk GR Yaris yang telah diperbarui mulai dari 3.560.000 yen untuk versi entry-level dengan transmisi manual, hingga 5.330.000 yen untuk versi range-topping dengan transmisi otomatis. Toyota belum mengkonfirmasi apakah mobil ini akan ditawarkan di luar pasar domestik.
